Прибыв к устью Амазонки, Бейтс и Уоллес в течение двух первых лет путешествовали совместно, поднявшись вверх по ее течению до впадения в нее Рио-Негро; здесь они решили расстаться и работать каждый самостоятельно, причем Бейтс должен был проникнуть до верховьев Амазонки, а Уоллес – исследовать течение ее левого притока Рио-Негро. После этой добровольной разлуки друзьям суждено было увидеться лишь много лет спустя в Англии, уже по возвращении Уоллеса с Малайского архипелага. Самостоятельная работа Уоллеса в девственных лесах по Рио-Негро заняла промежуток времени с 1850 по 1852 год; работа его подвигалась успешно, и он уже успел отправить в Англию часть собранных коллекций. Однако здоровье, расстроенное частыми приступами малярии, побудило Уоллеса в 1852 году вернуться обратно. Во время переезда через Атлантический океан Уоллес чуть было не погиб: корабль, на котором он ехал, загорелся и утонул, а команде и немногочисленным пассажирам пришлось искать спасения на шлюпках. Разумеется, не могло быть и речи о спасении громоздких коллекций, собранных с таким огромным трудом за последние два года: все они, равно как и животные, рисунки и драгоценные дневники путешествия, погибли вместе с судном. Проблуждав по океану 10 суток и испытав все невзгоды кораблекрушения, вплоть до голода и жажды, Уоллес и его товарищи по несчастью были подобраны каким-то судном и в октябре доставлены в Англию.

Гибель коллекций и дневников была, конечно, страшным ударом для молодого натуралиста, притом ударом как морального, так и материального характера, ибо он рассчитывал на продажу собранных научных ценностей. Однако он не унывал и деятельно принялся за обработку ранее переправленного в Англию материала – коллекций и записей. Уже через год по возвращении на родину он выпускает брошюру ботанического содержания «О пальмах Амазонки и их пользе» и одновременно описание своего путешествия по Амазонке и Рио-Негро («Travels on the Amazon and Rio Negro»).