Во главе училища стоял начальник в чине генерала или полковника, назначавшийся Высочайшим приказом и имевший права начальника дивизии. Ему непосредственно подчинялся батальонный командир.

Батальонный командир наблюдал за соблюдением его подчиненными дисциплины и чинопочитания, за воинским порядком и точным исполнением обязанностей службы, а также за нравственностью юнкеров, их строевой подготовкой и внеклассными занятиями. Кроме того, на него возлагалось и общее наблюдение за хозяйственной частью (обмундирование, снаряжение, правильность ведения отчетности).

Ротные командиры руководили службой, строевым образованием и воинским воспитанием юнкеров и непосредственно заведовали ротным хозяйством.

Младшие офицеры (10, в т. ч. 1 адъютант) назначались начальником училища из состава офицеров строевых частей или военно-учебных заведений. При этом они должны были быть в чине не выше штабс-капитана гвардии или капитана армии. Они также должны были прослужить в офицерском звании не менее 5 лет, из них непосредственно перед назначением в училище не менее 2 лет в строю.

Ближайшими помощниками офицеров в деле военного образования юнкеров были портупей-юнкера и фельдфебели.

Звание портупей-юнкера в русской армии существовало с 1798 по 1917 гг. Портупей-юнкера военных училищ именовались так вовсе не от портупеи, в нашем современном понимании, плечевой или поясной, на которой носилось холодное оружие. «Porte-épée» — французское слово, перенятое сначала немцами и от них пришедшее в Россию, означало в свое время офицерский темляк. Темляк представлял собой ременную или матерчатую ленту, украшенную кистью, укрепленную на эфесе шпаги, сабли или шашки, и надевавшуюся на запястье в бою. Историческое назначение темляка — предотвратить падение на землю сабли или шашки, если они будут выбиты из рук (с надетым на руку темляком это невозможно), а также освободить бойцу руки для использования огнестрельного оружия.