Первоначально в военных училищах была принята лекционная система, однако позднее, на основании опыта ряда лет, пришлось дополнять ее репетициями: после каждой лекции стали проводить классные занятия для лучшего усвоения материала.

В церкви Владимирского военного училища.

Однако подготовка офицеров в военных училищах страдала серьезными недостатками: требования к выпускнику были излишне высоки. В течение двух лет пребывания в училище далеко не каждый юнкер успевал овладеть знаниями, необходимыми для будущего командира полка.

Вследствие того, что военные училища не могли обеспечить все потребности армии в офицерских кадрах, возник вопрос о создании юнкерских училищ. В соответствии с основными положениями намеченной реорганизации системы военно-учебных заведений, утвержденной в конце 1862 г., было решено наряду с организацией военных училищ приступить к созданию училищ юнкерских. Отличие военных училищ состояло в том, что в них принимались молодые люди с законченным средним образованием. В юнкерские училища могли поступить молодые люди, имевшие 4–5 классов образования. При юнкерских училищах открывались дополнительные приготовительные классы, то есть обучение было трехлетним.

В докладе по Военному министерству 1 января 1864 г. Милютин писал об учреждении юнкерских училищ при военно-окружных управлениях: «Настоятельность учреждения юнкерских училищ обуславливается огромным числом тех молодых людей, которые поступая прямо в полки, на различных правах с производством своим в офицеры, вносят в войска полное отсутствие общего, а тем более военного образования. Число этих лиц с упразднением некоторых кадетских корпусов и уменьшением нормальной цифры выпускаемых из них офицеров должно еще более возрасти, а потому в настоящее время настоятельнее еще, чем прежде, необходимо прийти к ним на помощь и доставить им средства к соответственному с требованиями службы подготовлению»