Первоначально юнкерские училища были созданы для подготовки к офицерскому званию войсковых юнкеров и вольноопределяющихся, поступавших в армию «по праву происхождения». С 1869 г. в них стали приниматься также и унтер-офицеры общих сроков службы, то есть призванные в войска по рекрутскому набору. Обучение в училищах лиц указанных категорий являлось необязательным, но никто из них не мог быть произведен в офицеры, не окончив курса юнкерского училища или не выдержав при нем экзамена, установленного программой. Следовательно, с учреждением юнкерских училищ производство в офицеры лиц, не имевших определенной общеобразовательной подготовки, а также необходимых военных знаний, было прекращено.
Юнкера Николаевского инженерного училища.
Военное министерство придавало исключительно важное значение созданию военно-учебных заведений этого типа. В докладе по Военному министерству 1 января 1865 г. Милютин указывал, что «в юнкерских училищах заключается будущность нашей армии… Прочие военно-учебные заведения имеют другие цели, но поднятие нравственного и умственного уровня в массе офицеров мы должны ожидать именно от юнкерских училищ» Обучавшиеся в юнкерских училищах продолжали числиться в своих частях, куда и откомандировывались по окончании курса. Окончившие юнкерские училища делились на 2 разряда, они получали звание портупей-юнкера и направлялись в части. Производство их в офицеры происходило по представлению непосредственного начальства. Окончившие по 1-му разряду производились независимо от имеющихся вакансий, по 2-му — по мере открытия вакансий. К концу 70-х гг. количество юнкерских училищ достигло 17: 11 пехотных, 2 кавалерийских и 4 казачьих Наряду с пехотными, кавалерийскими и казачьими училищами в России существовали два так называемых специальных военных училища: Михайловское артиллерийское и Николаевское инженерное училища в Петербурге. Оба эти училища не подчинялись Главному управлению военно-учебных заведений, будучи подведомственными: первое — Главному артиллерийскому управлению, второе — Главному инженерному управлению.