Однако незначительные следы традиций Сакья и Кагью сохранились несмотря на то, что они не были признаны официально. В некоторых небольших монастырях продолжали практиковать традицию Ньингма, однако ее истоки не ясны: происходит она от тибетских традиций собственно школы Ньингма или же от практик Ньингма, восходящих к «Чистым видениям» Далай-ламы V. Первоначальный стиль возведения тибетских монастырей возник в конце XVI в. при постройке монастыря Эрдэни-Цзу на месте древней столицы Каракорум.

С тибетского языка на монгольский были переведены полные собрания текстов Кэнгьюр и Тэнгьюр. Выдающиеся монгольские ученые написали комментарии к буддийским текстам иногда на монгольском, но большей частью на тибетском языке. В Монголию из Тибета перешла традиция монастырской жизни монахов, но традиция послушниц не попала ни в Монголию, ни в районы с бурятским, тувинским и калмыцким населением. Линия перерождений тибетского мастера Таранатхи стала известна как линия Богдо-гегенов, или Джебцун-дамба Хутухт, которые стали традиционными главами буддизма в Монголии. Их резиденция находилась в Урге (ныне Улан-Батор). С течением времени тибетский буддизм несколько приспособился к условиям Монголии. Например, 1-й Богдо-геген Дзанабазар (вторая половина XVII — начало XVIII вв. ) создал специальную одежду монгольских монахов для ношения главным образом в свободное от выполнения церемоний время. На основе уйгурской и монгольской письменности он разработал также алфавит союмбу, использовавшийся для транслитерации тибетских и санскритских слов.

В XVII в. тибетский буддизм, и в первую очередь традиция Гелуг, попал к маньчжурам, а во время их правления — в Маньчжурию и в северные области Китая. Был основан тибетский монастырь в Пекине, а в Гехоле, летней столице маньчжуров, расположенном на северо-востоке от Пекина были построены точные копии лхасской Поталы, а также монастырей Самье и Ташилунпо. Кэнгьюр был полностью переведен с тибетского языка на маньчжурский, в основе которого лежит адаптированный монголами уйгурский шрифт.