В начале XVII в. тибетский буддизм из Монголии проник на север к бурятскому населению Забайкалья. Вторая линия пришла непосредственно из Тибета из монастыря Лабранг Ташикьил в провинции Ам-до. С целью ослабления позиции Богдо-гегенов и влияния монголов и маньчжуров в этой части России, царь дал настоятелям Гусиноозерского дацана как главам бурятского буддизма титул Бандидо Хамбо-Лама. Таким образом бурятская традиция стала официально независимой от монгольской церкви. В 20-х годах нашего века часть бурят переселилась из Забайкалья во Внутреннюю Монголию и там продолжила свои собственные буддийские традиции в дополнение к тем, что уже существовали в этой области.

В XVIII в. тибетский буддизм из Монголии попал также к тюркскому населению Тувы, хотя, как было отмечено ранее, первая волна буддизма пришла в Туву в IX в. от уйгуров. Как и в Забайкалье, это была главным образом традиция Гелуг; традиция Ньингма также получила значительное распространение. Настоятели Чаданского хурэ как главы тувинского буддизма получили титул Хамбу-лама. Поскольку Тува, подобно Монголии, до 1912 г. находилась под маньчжурским правлением, тувинские Хамбу-ламы подчинялись непосредственно Богдо-гегенам в Урге: тувинский буддизм имел значительно более тесные связи с Монголией, чем бурятский. В Туве буддизм мирно сосуществовал с местной традицией шаманизма: в одних случаях люди обращались к шаманам, а в других — к буддийским священникам.

К западным монголам, ойратам, тибетский буддизм впервые попал в XIII в., однако не получил здесь широкого распространения. Более глубокие корни он пустил в конце XVI — начале XVII вв., когда получила распространение традиция Гелуг, пришедшая непосредственно из Тибета и отчасти через Монголию. Это было в Джунгарии в Восточном Туркестане (ныне северная провинция Синь-Цзянь, в КНР), в Восточном Казахстане, а также, возможно, на Алтае.