Его внутреннее постижение проявлялось во многих чудесах и проявлениях сверхспособностей. Однажды, когда он с немногочисленными спутниками был на пути к Владыке Сонаму Тракпа, они подошли к сухому, пустынному месту, Шангда.

«Давайте перекусим здесь». – предложил он.

Его спутники возразили: «Здесь же нет воды».

Но Тхогме ответил: «Идите и собирите немного хвороста. А я позабочусь о воде».

Когда они вернулись, то обнаружили, что Тхогме сделал углубление в песке. И оно было полно воды. После еды вода еще была там, но уже через небольшое время – не осталось и следа..

В другой раз, когда он давал посвящение Амитаюса, Будды Долголетия, его лицо для некоторых представилось ослепительно белым как снежная вершина. В течение призывания благословения его лицо стало оранжево-красным, а во время изгнания препятствий – темно-красным и гневным, а волосы стали дыбом.

В другой раз его особенно преданные ученики увидели его как Одиннадцатиликого Авлокитешвару, Будду Сострадания.

Однажды, когда армия Центрального Тибета подходила к Нгулчу, Гьялсе Тхогме сказал всем жителям, что надо бежать. Но они не хотели слушать. Так как в последний раз победили северяне и ничего не плохого не произошло, то и в этот раз беспокоиться нечего.

Тхогме настаивал. «На этот раз вам надо бежать!» - сказал он.

Но они все равно не послушались. Северяне потерпели поражение и, когда армия Центрального Тибета вторглась в Нгулчу, все запаниковали и собрались вокруг Тхогме.

Также как пять ракшасов не могли причинить никому вреда в царстве Царя «Сила Любви», так и безжалостные солдаты, когда они вбежали, размахивая своими окровавленными мечами и пиками, только взглянув на лицо Владыки Дхармы, потеряли свою ненависть и исполнились веры. Простершись пред ним, они просили о защитных шнурах. Они хотели его благословения, но не осмеливались подойти.