Ассаджоли родился в еврейском гетто в Венеции в 1888 году. В юном возрасте он потерял родителей, и его воспитывал отчим-врач, благодаря которому Ассаджоли выучился на психиатра и стал специалистом по психоанализу. В 1909 году он был назначен представителем Италии в Венском психоаналитическом обществе, основанном Фрейдом, — в ту пору еще не до конца признанным отцом психоанализа. Некоторое время Ассаджоли занимался в Швейцарии, в той же больнице, что и Юнг, но быстро разочаровался в психоанализе, который, по его мнению, не признавал лечебные методы, скрытые в самом человеческом естестве пациентов, в том числе — высшее сознание и духовность. В двадцать два года он порвал с психоанализом и начал разрабатывать собственный метод практической психотерапии, а в 1928 году основал в Риме первый институт обучения психосинтезу.

В 1940 году фашисты посадили его в тюрьму за «пацифизм». Однако заключение не сломило Ассаджоли, а принесло ему то, что он назвал «благословением»:

…достижение независимости от обстоятельств, достижение внутренней свободы. Мы должны добиться свободы от страха, от потребностей и т. д., но главное усилие должно быть направлено на достижение той внутренней свободы, без которой все остальные не имеют значения. Мое предназначение — помогать людям освободиться из внутренней тюрьмы.

Друзья в конце концов добились освобождения Ассаджоли, но его беды на этом далеко не закончились. Он оставался под строгим полицейским надзором, а когда началась фашистская оккупация, вынужден был искать убежища в горах Тосканы. Вскоре после окончания войны его единственный ребенок умер от болезни, подхваченной, когда семья скрывалась. Только в 1950 году Ассаджоли вновь смог открыть институт психосинтеза — теперь во Флоренции.

Ассаджоли первым из современных западных медиков стал использовать в работе с пациентами мировые духовные и созерцательные методики. В конце 1950-х годов его подход получил известность, специалисты всего мира стали перенимать у него опыт, и с этого момента многие начали придавать особое значение включению духовности в систему понятий, связанных с восстановлением умственного и эмоционального здоровья.