Из-за опасности рифов и такого мелководья, что временами почти невозможно было не терять из виду Новую Гвинею, Кук со свойственным ему упорством в конце концов произвел высадку. Туземцы пролива Папуа, однако, оказались настолько враждебными, что Кук оставил дальнейшие попытки. Он направил "Индевор" на восток, пересек Арафурское и Тиморское моря и ненадолго сделал остановку у острова Сува, в те времена находившегося под контролем Голландской Ост-Индской компании. Здесь Кука встретили гостеприимно, ему разрешили закупить некоторое количество свежего мяса, фруктов и овощей. "Индевор" достиг верхней части Явы 22 сентября, но ветры и течения были настолько неблагоприятными, что дойти до Батавии он смог только в октябре. Это был первый цивилизованный город, который они увидели после Рио-де-Жанейро, а с того времени прошло почти два года.
Кук уже собрал все дневники и журналы своих офицеров и матросов и вместе со своими собственными журналами и множеством карт, которые он вычертил, отправил в Адмиралтейство в Лондон на голландском корабле "Кроненбург". Сопроводительное письмо Кука представляет собой поразительный документ. Хотя у него не было никаких иллюзий относительно ценности своих карт - "широта и долгота некоторых мест мира лучше установлены, чем эти", невероятно, но он протестовал против важности своих открытий. Он, казалось, почти извинялся за то, что не смог открыть Южный материк, а относительно своих прочих действий писал: "Открытия, сделанные в этом путешествии, невелики" - весьма удивительное утверждение со стороны человека, который присоединил Новую Зеландию и Австралию к владениям Британской короны.
В своем письме Кук высказывался самым хвалебным образом обо всех своих офицерах и матросах, а также об ученых. Совершенно естественным было бы, если бы кто-то оказался не столь совершенным, но Кук о них не упоминал, что свидетельствует о глубоком благородстве натуры этого человека. Во всех своих письмах Кук позволил себе единственное выражение довольства собою: "Я с удовлетворением докладываю, что не потерял из-за болезни ни одного человека за все путешествие".