После кончины Макетатон жизнь Нефертити и ее семьи меняется в худшую сторону. Нефертити перестает появляться в ритуальных церемониях богослужений Атону, в разных надписях ее имя заменяется на имя старшей дочери Меритатон, которой ее мать, очевидно, хотела передоверить роль живой богини. После этого супруга фараона живет с ним раздельно и переселяется в северный квартал Ахетатона.

Существует несколько версий разрыва супружеских отношений в царственной семье. По наиболее убедительной из них, сам Эхнатон по неизвестной причине отрекся от собственного учения и решил вернуться к прежнему положению вещей, пойти на сближение со жрецами Амона. Но Нефертити осталась верна Атону.

Кроме того, Эхнатон отвернулся от Нефертити как женщины. (Или принял более естественную для себя ориентацию?) Сердце неверного супруга оказалось занятым неким Сменхкарой, юношей, которого он назначил своим соправителем. Остались и изображения, запечатлевшие эту странную пару, женоподобного Эхнатона и Сменхкару в женской царской одежде. Юноша носил титул "любимый Эхнатона", а к своему имени присоединил приставку Нефер-Неферу-Атон, некогда принадлежавшую Нефертити.

Все религиозные преобразования стали сводиться на нет, храмы Атона разрушаться, письменные и живописные памятники - уничтожаться. Разве что город Ахетатон не трогали, пока там жила Нефертити. И в первых рядах контрреформаторов стоял Эхнатон, не успевший, правда, снова поменять имя.

Есть сведения, что последняя (а может быть, изначально и главная) сторонница поклонения единому богу Нефертити проявила типично женскую, непродуманную, спонтанную, истерическую реакцию, приказав своим людям убить разлучника Сменхкару. Но покушение оказалось неудачным. После этого Нефертити тяжело заболела. Это заставило супруга покаяться, снова оказаться рядом с Нефертити, любовь к которой новой религией признавалась священной. Она испустила дух на руках у мужа...