Брать заложников продолжали и после того, как Кронштадт пал. Арестовывали родственников руководителей ВРК, военных специалистов, которые ушли из Кронштадта в Финляндию. 14 апреля в качестве заложников были арестованы проживавшие в Гомельской губернии П.И.Петриченко, крестьянин шестидесяти пяти лет, и два его сына. Их доставили на Лубянку, но вскоре выяснилось, что никакого отношения к председателю кронштадтского ВРК Петриченко они не имеют.
Кронштадтцы добивались открытых и гласных переговоров с властями, однако позиция последних с самого начала событий была однозначной: никаких переговоров или компромиссов, мятежники должны быть наказаны. Парламентеров, которые направлялись восставшими, арестовывали. Предложение обменяться представителями Кронштадта и Петрограда осталось без ответа. 4 марта было опубликовано воззвание Комитета обороны Петрограда "Достукались. К обманутым кронштадтцам", которое, по существу, являлось ультиматумом. Кронштадт вынужден был либо принять его, либо защищаться. Он выбрал второе. 4 марта в Кронштадте состоялось заседание делегатского собрания, на котором присутствовали 202 человека. По предложению Петриченко состав ВРК был увеличен с 5 до 15 человек.
В связи с прямыми угрозами со стороны властей силой расправиться с кронштадтцами ВРК обратился к военным специалистам — офицерам штаба — с просьбой помочь организовать оборону крепости. 5 марта договоренность о совместных действиях ВРК и штаба крепости в организации обороны была достигнута. Военные специалисты предложили, не ожидая штурма крепости, самим перейти в наступление. Они настаивали на захвате Ораниенбаума, Сестрорецка, с тем чтобы расширить базу восстания. Однако на предложение первыми начать военные действия ВРК ответил решительным отказом.
Власти готовились силой оружия подавить восстание. Уже утром 3 марта во все части, на корабли Балтфлота был направлен приказ, в котором всем комиссарам предписывалось находиться на местах; запрещались собрания в присутствии посторонних лиц; всех замеченных в агитации против советской власти предлагалось арестовывать.