Процедура расправы была предельно упрощена: после короткого допроса обвиняемому сразу же выносили приговор. Только 14 марта постановлением чрезвычайной тройки был приговорен к расстрелу 41 красноармеец 237-го Минского полка. 15 марта та же участь постигла 33 красноармейцев Невельского полка. Приговоры зачитывались "всем ротам и командирам".

В ночь на 16 марта после интенсивного артиллерийского обстрела крепости начался новый ее штурм. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление бесполезно и, кроме дополнительных жертв, ни к чему не приведет, по предложению штаба обороны крепости защитники ее решили уходить из Кронштадта. Запросили правительство Финляндии, может ли оно принять гарнизон крепости. После получения положительного ответа начался отход к финскому берегу. В Финляндию успели перейти около 8 тысяч человек. Финляндскую границу перешли почти все члены кронштадтского ВРК и штаба обороны.

К утру 18 марта крепость оказалась в руках красноармейцев. Власти скрыли количество погибших, пропавших без вести и раненых красноармейцев. Нет обобщающих сведений и о числе жертв среди защитников Кронштадта. Многие из погибших на балтийском льду даже не были преданы земле. С таянием льда возникла опасность заражения акватории Финского залива. В конце марта в Сестрорецке на встрече представителей Финляндии и советской России решался вопрос об уборке трупов, оставшихся в Финском заливе после боев.

Началась расправа над гарнизоном Кронштадта. Само пребывание в крепости во время восстания считалось преступлением. Все матросы и красноармейцы прошли через военный трибунал. На каждого составлялся протокол допроса. Обязательным был вопрос об участии в восстании. Специальная запись в протоколе фиксировала, где арестован подследственный. Почти отсутствуют в протоколах отметки, что кто-то из них захвачен с оружием в руках. Пленных среди осужденных не было, так как их расстреливали на месте. Под страхом наказания запрещалось даже оказывать помощь раненым матросам, которые после штурма оставались на балтийском льду и улицах Кронштадта.