Прошло несколько десятков открытых судебных процессов. Особенно жестоко расправлялись с моряками линкоров "Севастополь" и "Петропавловск". 20 марта слушалось дело по обвинению 13 человек с линкора "Севастополь" в мятеже и вооруженном восстании. Всех обвиняемых приговорили к расстрелу. Один из самых крупных открытых процессов над моряками восставших линкоров состоялся 1–2 апреля. Перед ревтрибуналом предстали 64 человека. 23 из них приговорили к расстрелу, остальных — к пятнадцати и двадцати годам тюрьмы. 20 марта на заседании чрезвычайной тройки слушалось дело по обвинению 167 моряков линкора "Петропавловск". Всех приговорили к расстрелу. На следующий день по постановлению чрезвычайной тройки было расстреляно 32 моряка с "Петропавловска" и 39 — с "Севастополя", а 24 марта по постановлению тройки расстреляли еще 27 моряков.

В ходе следствия от каждого арестованного требовали прежде всего назвать "сообщников". После ареста от них тоже требовали ответа на тот же вопрос. Таким образом ускорялось движение репрессивного маховика. Между тем подавляющее большинство представших перед судом не принимали участия в обороне крепости. Путем массового террора власти стремились раз и навсегда покончить с возможностью повторения антибольшевистских выступлений.

К лету 1921 года только президиумом Петроградской губчека, коллегией Особого отдела охраны финляндской границы Республики, чрезвычайной тройкой кронштадтского Особого отделения Особого отдела охраны финляндской границы и реввоентрибуналом Петроградского военного округа к высшей мере наказания были приговорены 2103 человека и к различным срокам наказания 6459 человек. 1464 человека хотя и были освобождены, обвинения с них сняты не были.

С особым пристрастием карательные органы преследовали тех, кто во время кронштадтских событий вышел из РКП(б).