Людей, "состав преступления" которых заключался только в сдаче партийных билетов, безоговорочно относили к разряду врагов и судили, хотя некоторые из них являлись участниками революции 1917 года. Были арестованы члены Временного бюро кронштадтской организации РКП. Им не простили призыва к кронштадтским коммунистам поддержать действия ВРК. По приговору чрезвычайной тройки шестерых членов Временного бюро приговорили к расстрелу, а те кронштадтские коммунисты, которые были лишь ознакомлены с текстом "Воззвания Временного "Бюро" до его опубликования в "Известиях ВРК", получили по пять лет принудительных работ.

Осужденных было так много, что вопросом о создании новых концентрационных лагерей специально занималось Политбюро ЦК РКП(б). Расширение мест заключения было вызвано не только событиями в Кронштадте, но и общим ростом числа арестованных по обвинению в контрреволюционной деятельности, а также пленных военнослужащих белых армий.

С весны 1922 года началось массовое выселение жителей Кронштадта. 1 февраля приступила к работе эвакуационная комиссия. До 1 апреля 1923 года она зарегистрировала 2756 человек, из них "кронмятежников" и членов их семей — 2048, не связанных своей деятельностью с крепостью — 516 человек. Первая партия в 315 человек была выслана уже в марте 1922 года. Всего же было выслано 2514 человек, из которых 1963 как "кронмятежники" и члены их семей, 388 человек, не связанных с крепостью.

Советское руководство знало о характере кронштадтского движения, его целях, руководителях, о том, что никакого участия ни эсеры, ни меньшевики, ни зарубежные силы в нем не принимали. Однако объективная информация тщательно скрывалась от населения и вместо нее предлагалась фальсифицированная версия о том, что кронштадтские события были делом рук эсеров, меньшевиков, белогвардейцев и международного империализма, хотя ВЧК каких-либо данных на сей счет найти не удалось.