Активность Берии, неожиданность подходов к решению поставленных задач делали его в глазах Маленкова, Хрущева и других старожилов сталинского политбюро смертельно опасным конкурентом. Объединяющим для них фактором послужил и страх перед этим человеком. Они панически боялись, что Берия слишком много знает и сумеет в нужный момент использовать имеющийся у него компромат для нанесения решительного удара по своим же соратникам.

Логика борьбы и практика предыдущих лет подсказывали, что единственным верным способом избавления от опасного соперника является его полная дискредитация перед партией и народом и физическое устранение. Берию арестовали 26 июня 1953 г. Его арест был заранее спланирован и подготовлен: об этом упоминали многие участники пленума. Чтобы не вызвать у Берии подозрений, рассказывал Хрущев, «организовали заседание Совета Министров, а членов ЦК, которые не входят в Президиум Совета Министров, пригласили на это заседание, а потом повернули заседание…».

Как признал на пленуме Маленков, вопрос о том, что делать с Берией, возник 12 июня, после обсуждения на очередном заседании его записок, подготовленных МВД, и постановлений Президиума ЦК, принятых на их основе. Сепаратные переговоры с отдельными членами Президиума продолжались чуть больше недели. Организаторами переговоров выступали Маленков и Хрущев. В необходимых случаях, в частности, для беседы с К.Е. Ворошиловым подключался и Молотов. Не все члены Президиума ЦК соглашались с доводами Маленкова и Хрущева, и именно поэтому мнение старейшего члена политбюро Молотова было очень важно. К 26 июня все члены Президиума ЦК, кроме, естественно, Берии, знали о характере предстоящего заседания. Фактически это был заговор политбюро против одного из своих членов. Все элементы заговора были налицо: строгая конспирация, секретная подготовка перечня обвинений, проработка сценария, закулисные переговоры и распределение ролей, формирование вооруженной группы генералов и офицеров, которым поручался арест.