Тайно вывезенный поздним вечером из Кремля Берия был доставлен на гарнизонную гауптвахту Москвы, а на следующий день переведен в бункер штаба противовоздушной обороны, где и содержался до окончания следствия и суда.

Дальнейшие события развивались по хорошо отработанному еще в сталинские времена сценарию. 29 июня 1953 г. на заседании Президиума ЦК было принято постановление «Об организации следствия по делу о преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берии». Ведение следствия по делу Берии поручалось протеже Хрущева — Генеральному Прокурору СССР Р.А. Руденко, утвержденному в должности на этом же заседании.

Прежний прокурор, Г.Н. Сафонов, как пишет Хрущев, «не вызывал у нас доверия, и мы сомневались, что он может объективно провести следствие по делу Берии». Постановление Президиума ЦК обязывало Руденко «в суточный срок подобрать соответствующий следственный аппарат, доложив о его персональном составе Президиуму ЦК КПСС, и немедленно приступить, с учетом данных на заседании Президиума ЦК указаний, к выявлению и расследованию фактов враждебной антипартийной и антигосударственной деятельности Берия через его окружение». По выражению Хрущева, «дело закрутилось».

Спешно, насколько это технически было возможно, был созван пленум ЦК КПСС, который открылся 2 июля. Режиссура его проведения в основном повторяла политические спектакли 30-х гг., за исключением одной существенной детали — Берия на пленуме отсутствовал, и поэтому, в отличие от своих предшественников (Н.И. Бухарина, А.И. Рыкова и др.) лишен был возможности выслушать обвинения в свой адрес и выступить с объяснениями. Впрочем, это никоим образом не могло повлиять на исход дела.