1 отдел (ж.д. транспорт) — (Л.С.Буянов);

2 отдел (водный транспорт) — (Д.Г.Карягин);

3 отдел (связь, шосдорстрой, гражданский воздушный флот) — (И.С.Белов);

Следчасть ГТУ — (Н.И.Синегубов).

1 спецотдел (1 с/о (учетно-статистический) (358 человек, — Л.Ф.Баштаков);

2 с/о (опертехника) (621 человек, — Е.П.Лапшин);

3 с/о (обыски, аресты, наружное наблюдение) (147 человек, — Д.Н.Шадрин);

4 с/о (лаборатории) (61 человек, — М.П.Филимонов);

5 с/о (Гознак, Гохран) (18 человек, — В.Н.Владимиров);

Моботдел (31 человек, — И.С.Шередега);

Отдел кадров (362 человека, — С.Н.Круглов);

Главное тюремное управление (225 человек, — АТ.Галкин);

ЦФПО (165 человек, — Л.И.Берензон);

АХУ (4088 человек, — Ю.Д.Сумбатов-Топуридзе);

ГАУ (233 человека, — И.И.Никитинский);

ГУПО (250 человек, — Н.А.Истомин);

ГУРКМ (1043 человека, П.Н.Зуев);

ГУЛАГ (2040 человек, — В.В.Чернышев);

ГУШОСДОР (920 человек, — В.Т.Федоров);

ЦОАГС — (Ф.М.Солодов);

УКМК (1466 человек, — Н.К.Спиридонов);

ГУПВ (552 человека, — Г.Г.Соколов);

Главное управление войск НКВД по охране ж.д. сооружений (180 человек, — А.И.Гульев);

Главное управление конвойных войск НКВД (137 человек, — В.М.Шарапов);

Главное управление войск НКВД по охране промпредприятий (141 человек, — Е.В.Козик);

ГУВС (761 человек, — ААВургафт);

ГВСУ (134 человека, — И.С.Любый);

УПВИ (56 человек, — П.К.Сопруненко);

Центральный совет спортивного общества "Динамо" (126 человек);

Московское управление Дальстроя (117 человек);

Центральный клуб сотрудников НКВД СССР (158 человек, — Е.В.Шалыт).

Всего на 1 января 1940 г. по центральному аппарату по штатам числилось 32642 человека.