В феврале 1919 года для борьбы с контрреволюцией в мелкобуржуазной среде, среди интеллигенции и служителей культов был организован Секретный отдел ВЧК, в сентябре 1919 года для борьбы с контрреволюцией, диверсиями и саботажем в промышленности был организован Экономический отдел ВЧК, а в декабре 1920 года на базе одного из отделений Особого отдела был организован Иностранный отдел ВЧК.

Для объединения работы всех оперативных подразделений в январе 1921 года было организовано Секретно-оперативное управление (СОУ) ВЧК.

На ВЧК также возлагались охрана границы республики, борьба с бандитизмом, охрана правительства и некоторые другие функции.

Основные направления деятельности советской госбезопасности нашли свое структурное воплощение еще в период существования ВЧК. В это время (1918–1921 гг.) в ВЧК были организованы: Особый отдел для борьбы со шпионажем и контроля военных ведомств и армии; Транспортный отдел для борьбы с "враждебными элементами" на железнодорожном и водном транспорте и надзоре за его деятельностью; Экономическое управление для борьбы с "экономическим шпионажем, вредительством и диверсиями" в народном хозяйстве; Иностранный отдел для ведения разведки за границей; Секретный отдел (впоследствии получивший название "секретно-политический отдел") для борьбы с "антисоветскими партиями, политическими группами и организациями", а также для слежки за интеллигенцией и духовенством.

Эти направления деятельности или сферы интересов советских органов государственной безопасности впоследствии оставались неизменными (менялись лишь названия) и всегда находили свое оформление в том или ином структурном подразделении Центрального аппарата госбезопасности (отдел, управление или главное управление).