Не включены в Сборник документы внутренних и пограничных войск, принимавших активное участие в боевых действиях против националистов. Авторы надеются, что недостаточное освещение этой стороны проблемы будет восполнено после планируемого выпуска Сборника документов Центрального архива внутренних войск МВД РФ.
Сборник построен по хронологически тематическому принципу. Каждый раздел включает краткую статью, затем идут публикуемые документы. В первой главе даны минимальные сведения по истории рассматриваемых регионов до 1939 г.
Вторая глава охватывает период нацистской оккупации (1941–1943 гг.). Ее неполнота связана с использованием, в основном документов, хранящихся в России. Безусловно, желающие рассмотреть данный период более подробно должны обращаться как к архивам Белоруссии, Украины, Прибалтийских республик, так и к документам Германии. Отдельные документы, связанные с расследованием злодеяний националистов были созданы несколько позднее в 1944–1945 гг. Однако по тематическому принципу они включены именно в эту главу (док. № 32–36).
Наиболее полно отражен период 1944–1946 гг., когда сразу после освобождения рассматриваемых регионов от нацистской оккупации началась жестокая борьба между советскими властями и националистическими формированиями. Соответственно, третья глава получилась наиболее объемной.
В четвертой главе рассмотрен период 1947–1952 гг., когда после проведения массовых депортаций сочувствующего населения вооруженная борьба националистов постепенно сошла на нет. По указанным выше причинам число документов за этот период не так велико.