С XVI века происходило "значительное переселение польских и чешских евреев" на Украину, в Белоруссию и в Литву46. В XV в. еврейские купцы из польско-литовского государства ещё свободно приезжали и в Москву. Но это изменилось при Иоанне Грозном: въезд еврейским купцам был запрещён. А когда в 1550 польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: "в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперёд о Жидех к нам не писал"47, они русских людей "от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали"48.

Есть легенда, что при взятии Полоцка в 1563, по жалобам русских жителей "на лихие дела и притеснения" от евреев, арендаторов и доверенных у польских магнатов, Иоанн IV приказал всем евреям тут же креститься, а отказавшихся, и будто ровно 300 человек, тут же, при себе, велел утопить в Двине. Но историки тщательные, как например Ю. И. Гессен, не только не подтверждают эту версию, хотя бы в ослабленном виде, но даже не упоминают о ней.

Зато он пишет, что при Лжедмитрии I (1605-06) евреи появились в Москве "в большом, сравнительно, числе", как и другие иностранцы. А после конца Смуты было объявлено, что Лжедмитрии II ("Тушинский Вор") - "родом Жидовин"49. (О происхождении "Тушинского Вора" источники разноречат. Одни утверждают, что это - поповский сын с Украины Матвей Верёвкин: "или Жид... как сказано в современных бумагах государственных", он "разумел, если верить одному чужеземному историку, и язык Еврейский, читал Талмуд, книги Раввинов", "Сигизмунд послал Жида, который назвался Димитрием Царевичем"50.) Из Еврейской энциклопедии: "Евреи входили в свиту самозванца и пострадали при его низложении. По некоторым сообщениям... Лжедмитрий II был выкрестом из евреев и служил в свите Лжедмитрия I"51.