Тем временем Екатерина Пар забеременела от своего мужа. В сентябре она умерла при родах в возрасте тридцати шести лет. Ребенок родился мертвым.
Овдовев, Томас Сеймур с новой энергией обратился к своему давнему намерению – жениться на Елизавете. Он предложил ей переехать в его дом в Лондоне, настойчиво добивался разрешения Елизаветы навестить ее в Хэтфилде. Однако придворные дамы убедили ее, что это будет в высшей степени неразумно с ее стороны. И так уже ходили слухи о том, что вскоре она и лорд-адмирал сочетаются браком. Однажды казначей Елизаветы Томас Перри спросил у нее, намерена ли она выйти замуж за Томаса Сеймура, если Королевский совет разрешит ей такой брак. Елизавета отказалась отвечать на этот вопрос.
Развязка наступила неожиданно. 17 января 1549 года лорд-адмирал Сеймур был арестован по приказу своего брата лорда-протектора. Его обвиняли в государственной измене, в том что он намеревался свергнуть лорда-протектора и Тайный совет и подчинить себе малолетнего короля Эдуарда. Одно из тридцати трех обвинений гласило, что Томас Сеймур собирался жениться на Елизавете «с тайной и коварной целью, что угрожало жизни Его Королевского Величества». Лорда-адмирала бросили в Тауэр, а Елизавету подвергли домашнему аресту в Хэтфилде. Лорд-протектор послал туда сэра Хабриуса допрашивать ее. В Тауэре оказались и приближенная Елизаветы Кэт Эшли и ее казначей Пэрри.
Елизавета оказалась в весьма затруднительном положении.