Она не хотела говорить ничего, что могло бы подкрепить обвинение против Сеймура и его слуг или против нее самой. Но она понимала, что если будет упорно отказываться отвечать на вопросы, это вызовет подозрения и ее могут обвинить в неуважении к королю, лорду-протектору и Королевскому совету. Когда сэр Байруит сообщил ей, что Кэт Эшли и Перри находятся в Тауэре, она была потрясена и долго плакала, но ничего ему не сказала.

Байруит предупредил Елизавету, что она может поставить себя в весьма опасное положение. А если она во всем признается, лорд-протектор отнесется к ней снисходительно, принимая во внимание ее молодость. Байруит пытался очернить Кэт Эшли и подталкивал Елизавету к тому, чтобы та ради собственного спасения свалила всю вину на свою приближенную, но она не пошла на это. Байруит писал лорду-протектору: «Она ни за что не даст никаких показаний против миссис Эшли или своего казначея в том, что касается лорда-адмирала, и тем не менее я вижу по ее лицу, что она виновата».

На втором допросе Байруит решил прибегнуть к более мягким методам воздействия и понял, что это приносит больше результатов, особенно когда он сказал Елизавете, что Кэт Эшли выпустили из Тауэра и она находится под домашнем арестом в Вестминстере. В своем донесении лорду-протектору Байруит отмечал, что Елизавета обладает незаурядным умом.

В ходе дальнейших допросов Байруиту удалось уговорить Елизавету подписать заявление, в котором она согласилась подтвердить только то, что миссис Эшли говорила ей о желании Сеймура жениться на ней, и что он высказывал такое желание до своего брака с Екатериной Пар и после ее смерти. Елизавета признавала, что она знала о слухах, которые ходили вокруг нее и Сеймура. Она просила лорда-протектора опровергнуть слухи о ее заключении в Тауэр и беременности от Сеймура, ибо «такие слухи не могут распространяться в отношении сестер Его Величества короля, каковой я являюсь».