Боеготовые машины в полках составляли 85-90%, и даже по сложным системам навигационному и радиооборудованию - число отказов было небольшим. Нарекания вызывало остекление фонаря, быстро желтевшее и терявшее прозрачность от солнца и пыли (недостаток, унаследованный и МиГ-23). Вездесущая, всепроникающая пыль полностью забивала топливные фильтры и жиклеры уже через 5-7 часов работы, что грозило остановкой двигателя в полете. В летнюю жару садившиеся самолеты встречали с поливальными машинами или просто с ведрами воды, чтобы быстрее охладить перегревшиеся тормоза - иначе давлением могло "разнести" пневматики. Интенсивная эксплуатация все же не могла не сказаться на состоянии техники - из-за недостатка времени регламентные работы выполнялись на скорую руку (привычно записывая "в полном объеме"), ремонтировать и латать самолеты приходилось на месте. После года работы на них накапливались многочисленные дефекты, был полностью "выбит" ресурс, и по возвращении в СССР истребители приходилось отправлять в капитальный ремонт. Подтверждением были и данные отчетности: аварии по небоевым причинам в тяжелых условиях работы не уступали, а часто и превосходили потери от огня противника.

С усилением ПВО моджахедов самолеты все чаще натыкались на зенитный огонь. По сообщениям летчиков, горы буквально искрили "сваркой", особенно возле баз и опорных пунктов, прикрытых 12.7-мм пулеметами ДШК китайского производства и 14.5-мм зенитными горными установками с дальностью поражения до 2000 м. В 1985 году на их долю приходилось 62.5% всех боевых повреждений самолетов. Основными причинами потерь командование ВВС признавало недостатки в планировании операций и недостаточный учет ПВО противника.

Чтобы застать моджахедов врасплох и не дать организовать огонь, предлагалось практиковать атаки со сверхмалых высот (до 50-60 м). Однако эта тактика, выработанная для европейского ТВД, не встретила энтузиазма среди летчиков, так как в условиях сложного рельефа в таких полетах на малой высоте приходилось уменьшать скорость, а при снижении в межгорья велик был риск нарваться на засаду или попасть под огонь сверху. Практичнее стало прокладывание безопасных "обходных" маршрутов, выход к цели с направлений, не прикрытых ПВО, уход на безопасные высоты.