Помимо этого, начали применять "активные меры" - выделять специальные группы для подавления ПВО. Борьба с зенитными средствами оказалась небезопасной - уничтожить позицию можно было только прямым попаданием, иначе на смену "выбитому" расчету тут же приходил следующий, и огонь возобновлялся (иногда один за другим сменялись 2-3 стрелка). Нередко противник оборудовал рядом несколько зенитных точек, разнесенных по высоте, и самолет, атаковавший одну из них, попадал под огонь соседних. Чтобы сократить время пребывания под обстрелом, удар следовало наносить на большой скорости, не ниже 950-1000 км/ч, и для этого чаще всего выделялись истребители, вооруженные НАР или РБК с шариковым или осколочным снаряжением. В МиГ-21, стремительный и меньший, чем Су-17, нелегко было попасть.

При этом тактика истребителей имела свои особенности: для достижения внезапности удар наносился со стороны солнца, слепившего наводчиков, выход из атаки истребители выполняли боевым разворотом с энергичным набором высоты и резким отворотом-"крючком" в сторону; при необходимости выполнялся "звездный налет" ("ромашка"), при котором атаки следовали непрерывно с разных направлений, мешая моджахедам вести прицельный огонь. Иногда выделяли демонстрационное звено, имитировавшее налет и отвлекавшее на себя внимание зенитчиков, в то время как ударная группа выходила в атаку с другой стороны.

Расчисткой местности от очагов зенитного огня сопровождались не только авиационные налеты, но и высадка вертолетных десантов. Так, в упоминавшейся операции, проводившейся в январе 1982 года в районе города Дарзаб (ее целью было уничтожение банд в приграничных с СССР районах), для борьбы с ПВО использовали 12 МиГ-21бис, которые несли РБК-250-275 с осколочной "начинкой". В октябре-ноябре 1985 года в центральных провинциях Каписа, Баглан и Парван авиация нанесла 127 ударов, поддерживая высадку 2190 десантников, занявших ключевые дороги и перевалы.