Истребители принимали участие в массированных налетах, которыми сопровождалось уничтожение опорных пунктов моджахедов. В феврале апреле 1986 года в ходе операции по разгрому "Волчьей ямы" - базы Джавара под Хостом, имевшей три линии обороны, 49 складов с оружием, свои учебный центр и патронный завод, истребители действовали в составе смешанных авиагрупп, в которых на задание уходили 8-16 Су-17, 12-18 МиГ-23 и 12-18 Су-25. На разгромленной базе были уничтожены 252 огневые позиции и более 2000 оборонявшихся. Успех однако был далеко не полным - почти все запасы с базы противник успел вывезти, а с отходом войск вновь занял Джавару.

Инциденты, начавшиеся на границе с Пакистаном, прибавили работы истребителям. Исламабад уже не ограничивался обучением и снабжением афганской оппозиции, а пакистанская армия сама начала втягиваться в войну, оказывая моджахедам поддержку, прежде всего в борьбе с авиацией - самым грозным противником.

Не ограничиваясь охраной воздушного пространства, пакистанские летчики со своей стороны атаковали ракетами появлявшиеся вблизи границы советские и афганские самолеты (досягаемости "Сайдвиндеров" для этого хватало). Зная, что советские летчики связаны приказом не входить в десятикилометровую приграничную зону и не пускать ракеты в сторону границы, избегая "провокаций", пакистанцы чувствовали свою безнаказанность и все чаще стали залетать на территорию Афганистана. И тут уже они не могли не встретиться с МиГами.

Для прикрытия ударных групп выделялась пара или звено МиГ-23МЛД, патрулировавшие воздушное пространство в районе налета. Их вооружение составляли две ракеты средней дальности Р-24Р/Т и 2-4 ракеты ближнего боя Р-60. Для увеличения продолжительности полета под фюзеляж подвешивали дополнительный бак емкостью 800 литров. При нанесении массированных ударов, проводившихся силами нескольких полков с аэродромов ТуркВО (их приходилось встречать у границы и сопровождать к месту атаки), МиГ-23 несли еще два бака под крылом.