Поиск противника истребители вели самостоятельно с помощью бортового радиолокационного прицела "Сапфир-23МЛ" с дальностью обнаружения целей 70 км и теплопеленгатора ТП-23М. Обходиться без традиционного для ИА наведения с земли заставляло отсутствие в ДРА единой сети РЛС и пунктов управления, контролирующих воздушное пространство, а окруженные горами аэродромные РЛС имели небольшой радиус действия. Авиацию, работавшую в северных провинциях ДРА, прикрывали МиГ-21бис и МиГ-23 из Кокаиды и Мары. В 1988 году эпизодически сопровождение осуществляли МиГ-29, осваивавшиеся летчиками САВО (иногда "по старой памяти" на новых МиГах проводили учебное бомбометание по знакомым целям "за речкой").
Истребители охраняли также вертолетные десанты и вели патрулирование границ. Кроме того, на каждом аэродроме выделялось вооруженное ракетами дежурное звено МиГ-23МЛД. Его летчики не оставались без работы - они поднимались в воздух для усиления истребительного прикрытия при появлении у границы пакистанских самолетов и были "на подхвате" при разного рода внеплановых ситуациях. Во время визита Э. Шеварднадзе в Кабул в январе 1989 года в небе над городом кружили дежурные МиГи из Баграма, а для защиты министерского Ту-154 от "Стингеров" от самой границы "тропили дорогу" САБами. Прикрывая перелет, истребители в эту ночь сделали 12 вылетов, а больше всех потрудился В. Магдалюк, приземлявшийся только затем, чтобы сменить самолет на заправленный и снаряженный.
Полеты на патрулирование и сопровождение (на жаргоне летчиков "прикрышку") в 1988 году составляли 15% всего объема работы, 4% занимала разведка, в основном же истребители продолжали раскручивать "карусель" БШУ, на которые приходилось 80% вылетов. К этому времени удары наносились почти исключительно бомбами (типовой нагрузкой МиГ-23 была пара бомб калибра 250 или 500 кг) с высот не ниже 5000 м. Эти меры оказались достаточно эффективными: 120-й ИАП, которому довелось "закрывать" афганскую кампанию, не имел ни одной боевой потери, хотя из-за ошибок летчиков и отказов техники были разбиты три самолета.