Уаскару осталась верна большая часть его подданных. Всего за несколько лет отношения между двумя братьями развились в открытый конфликт. Народное ополчение Уаскара предприняло попытку вторгнуться в Кито, но после начального успеха было отброшено на юг, через Анды, закаленными в боях регулярными частями, верными Атауальпе. Серия сокрушительных побед китонцев завершилась поражением и взятием в плен Уаскара в генеральном сражении у Куско. Многие народы империи считали одерживающих победы китонцев врагами и захватчиками, и профессионалы отвечали им жестокостью, которой они научились во время походов на север. Атауальпа подвергнул опустошению провинцию, где жило племя каньяри, в наказание за интриги его вождя. Полководец Кискис, захвативший Куско, вознамерился истребить всех членов семьи Уаскара, чтобы избавиться от любых других претендентов. Он отослал пленного Инку на север под сильной охраной. Чалкучима, верховный главнокомандующий Атауальпы, удерживал район в центральных Андах вместе с еще одной армией, находившейся в Хаухе, в то время как полководец Руминьяви был оставлен командовать войсками в Кито. Сам Атауальпа совершал триумфальное шествие на юг вслед за своими военачальниками.

Писарро начал свой поход вдоль перуанского побережья как раз тогда, когда эта яростная гражданская война подходила к концу. Его люди увидели достаточно свидетельств недавних боев. Тумбес был разрушен. Когда Эрнандо де Сото отправился в глубь страны на разведку, он достиг города Кахаса, «пребывавшего в руинах после сражений, которые вел Атауальпа. В горах на деревьях во множестве висели тела индейцев, потому что они не согласились сдаться: ведь все эти деревни изначально принадлежали Куско [Уаскару], которого они признавали своим господином и которому они платили дань».

Когда Писарро узнал о междоусобице, он тут же понял, как полезна она ему может оказаться. Двенадцатью годами раньше Кортес блестяще сыграл на сопернических разногласиях во время завоевания Мексики. Писарро надеялся сделать то же самое.