Преждевременная смерть Великого Инки Уайна-Капака и его наследника создала неопределенную ситуацию. Наиболее вероятным преемником был сын Инки Уаскар, который принял бразды правления в столице Куско. Другой сын, Атауальпа, остался во главе имперской армии в Кито. Вероятно, он исполнял обязанности губернатора этой провинции от имени своего брата, хотя некоторые летописцы отметили, что умирающий Инка решил разделить огромную империю на две части, одну со столицей в Куско, а другую — в Кито. Мы никогда не узнаем правду о том, каким в действительности было завещание Инки. Известно лишь, что после нескольких лет спокойной жизни между двумя братьями вспыхнула междоусобная война. Некоторые испанцы вели в этом походе путевые заметки и дали различные объяснения причин этого конфликта в зависимости от личных симпатий тех местных жителей, которые их информировали. Будучи европейцами, испанцы изо всех сил старались доискаться, притязания кого из братьев, Уаскара или Атауальпы, на трон были самыми «законными». Но это было бесполезно, так как для инков право первородства не имело значения. Для них было важно только, чтобы новый Инка был королевской крови и мог править. Если старший или любимый сын, назначенный наследником, оказывался слабым или неспособным к управлению государством, то в ходе междоусобной войны или дворцового переворота его вскоре смещал более агрессивный брат. Большинство из 11 Инков, которые правили страной до этого времени, пришли к власти только после некоторой борьбы, в результате чего выдающиеся правители сменяли один другого.

Когда началась междоусобная война, Атауальпа обладал профессиональной армией, которая все еще вела бои на севере под командованием полководцев Чалкучимы, Кискиса и Руминьяви.