Так он создал свыше тридцати произведений, составляющих золотой фонд узбекской литературы.

В 1499 году он пишет свою большую философскую поэму «Язык птиц».

В этой поэме, являющейся ответом на «Речь птиц» знаменитого поэта Аттара, Навои выступает против того направления суфийской философии, которое было очень распространено на протяжении нескольких веков и сторонники которого считали природу и человека жалкой тенью бога, пропагандировали квиетизм, отказ от своего «я», от всего мирского.

Навои обожествляет человека и считает его самым ценным существом, неотделимым от самой природы, которая также прекрасна.

Другое произведение «Собрание утонченных» было написано Навои и 1491–1492 годах, а спустя несколько лет доработано. Эта книга представляет собою своего рода антологию современной автору поэзии. Будучи сам великим мастером художественного слова и тонким теоретиком литературы, Навои приводит в ней ценнейшие материалы и сведения более чем о трехстах поэтах. Исключительно важными являются предельно лаконичная, но меткая характеристика и точная оценка, которые дает автор творчеству и миропониманию поэтов, их моральному облику и поведению, их месту и роли в литературе и жизни; его критические замечания, глубокие наблюдения и теоретические высказывания при разборе литературных и морально-этических явлений, об идейно-художественных достоинствах и недостатках творчества поэтов; суждения о назначении поэзии и т. д.

За несколько месяцев до своей кончины Навои создает философский, общественно-политический трактат «Возлюбленный сердец», в котором чувствуется влияние «Гулистана» Саади и «Бахаристана» Джами.