На исходе этого же года он, помимо прочего, написал для сборника «Чехословакия — Советскому Союзу» (выпущенного к 20-й годовщине Октября) статью «Чем был и есть для меня СССР».

Потом события понеслись с головокружительной стремительностью: аншлюс Австрии, первые угрозы Гитлера в адрес Чехословакии…

В это время Кратохвил переписывается с Луи Арагоном и с французской секцией Международной ассоциации писателей (МАП) о возможности международной помощи Чехословакии, подписывает воззвание к английским писателям, пишет для «Кларте» статью «Чехословакия сегодня»

А затем… затем для него настало время, которое он сам в статье, опубликованной за несколько месяцев до Мюнхенского сговора и капитуляции, загодя определил для себя так: «В известные времена писатель обязан отложить перо, если он не хочет писать историю, когда ее надо делать»

После капитуляции Чехословакии Кратохвилу пришлось уйти с государственной службы. Он нашел работу в редакции пражского издательства «Чин». И несмотря на скудость собственных средств, он тотчас принялся помогать товарищам из числа писателей (Вацлавеку, Фучику, Штоллу и др.), не имеющим средств к существованию, и их семьям, когда им самим пришлось уйти в подполье: находил для них работу, доставал переводы.

Из рукописи труда академика Владимира Прохазки о подпольной деятельности Ярослава Кратохвила (написано после освобождения) мы узнаем, что в 1943 году Кратохвил стал одним из руководителей той части движения Сопротивления, которая была связана с Московской группой, и что в конце того же года и в начале 1944-го он вел переговоры и с другой, Лондонской группой, после чего обе части Сопротивления, параллельно с договоренностью между заграничными группами, договорились о совместных действиях; все это привело позднее к совместной разработке Кошицкой программы и к созданию Национального фронта чехов и словаков. Академик Прохазка пишет: «Кратохвил поддерживал связь с подпольным ЦК КПЧ и с командованием партизанских отрядов в Бескидских лесах в Моравии, а через них, возможно, и с Кошицами. Он вел борьбу со знанием дела… и умел столь мастерски направлять подпольную работу, что немцы не могли раскрыть его в течение целых пяти лет. И если он был схвачен в конце войны — то произошло это из-за промахов других…»