Кратохвил, или «Красный майор», как его называли друзья, был взят на своей пражской квартире 11 января 1945 года, то есть за день до последнего советского наступления, приведшего Советскую армию в Берлин и Прагу.

Кратохвила держали в гестаповской тюрьме во дворце Печена и в Панкраце, затем перевели в Терезинский концлагерь. Здоровье его уже значительно пошатнулось. В Малой крепости Терезина он захворал плевритом, состояние его стало быстро ухудшаться. Он умер на самом пороге освобождения — по не совсем точным данным, 20 марта 1945 года.

«Дважды за свою жизнь боролся он за освобождение Чехословакии, во время обеих мировых войн, — писала вскоре после освобождения в статье, посвященной памяти Кратохвила, Мария Пуйманова. — И во второй раз — отдал за нее жизнь…»

Ярослав Кратохвил являл собой редкий и удивительно благородный тип борца и был большим чешским писателем.

Всю свою удивительную жизнь во всей ее чистоте и возвышенности он буквально роздал ради общего блага. В статье, написанной Кратохвилом после возвращения из СССР в начало тридцатых годов, имеются слова, в которых отражается такой дар восхищаться, оставаясь при всем том очень скромным человеком, что теперь они особенно потрясают и трогают нас:

«Я люблю людей, способных на самоотвержение, на отказ от своего, личного, людей, которые умеют прямо идти к великой, справедливой и разумной цели. Я преклоняюсь перед людьми смелыми, которые поверх себя, смертных, поверх меня, смертного, поверх нашего смертного поколения видят все бессмертное человечество и которые в отважной борьбе за его справедливость умеют жертвовать большим, чем умел и умею жертвовать я сам»