Филарет получал в монастыре вести о своей семье. Крестьяне Толвуйской волости, поп Ермолай сообщали ему о жене, а последней — о нем. Так что безрадостные размышления о смерти супруги и детей, несомненно, оставляют его. А вскоре в судьбе старца и членов его семьи произошли счастливые изменения.

После перехода годуновского войска под Кромами на сторону самозванца и восстания москвичей (оба события — в мае 1605 года) Лжедмитрий I 20 июня вступил в столицу России. Месяц спустя венчался на престол «прародителей своих». Как обычно в таких случаях, царь жаловал приближенных, угодных ему лиц. На этот раз среди них оказался Филарет: возвращенный из ссылки, он, волей «царя Дмитрия», стал ростовским митрополитом.

Крушение первого самозванца и появление Лжедмитрия II («тушинского вора») заставили Филарета поволноваться. Однажды в Ростов, где он тогда находился, ворвались поляки Сапеги и казаки (11 октября 1608 года). Ростовцы упорно отбивали штурмы тушинцев. Но последние в конце концов захватили город. Филарет с толпами простого народа закрылся в соборной церкви. Враги добрались и туда; сломав двери, вошли в храм. Митрополит пытался, выйдя к ним с хлебом и солью, увещевать их. Но бесполезно — захватчики презрели его моления, убили многих людей, надругались над святынями и самим владыкой. Печально было и то, что в бесчинствах активно участвовали переяславцы (из Переяславля-Залесского, давней родовой вотчины Александра Невского, его отца и деда, тогдашнего центра княжества) — давние враги, недоброжелатели ростовцев.

Захваченного в плен митрополита «с бесчестием" повезли в Тушино под Москвой, в лагерь второго самозванца. Перед тем переяславцы сорвали с него архиерейское облачение, надели какую-то сермягу, на голову — татарскую шапку. На воз вместе с ним посадили женщину. В Тушине после только что пережитых потрясений, позора и унижений Филарета ждали почести, правда весьма сомнительного свойства.