Сапега 12 апреля потребовал от Филарета написать ляпуновскому ополчению, чтобы оно ушло из-под Москвы, и М. Б. Шеину в Смоленск о сдаче города.

— Я все согласен перетерпеть, — услышал в ответ канцлер, — а этого не сделаю, пока не утвердите всего, что вам подано в договоре.

— Ну, так вы завтра поедете в Польшу.

Так и произошло. На следующий день послов ограбили и повезли водою в Польшу. Их слуг перебили. По прибытии в чужую страну Филарета поместил в своем доме тот же Лев Сапега. Началось довольно долгое пребывание митрополита в плену.

Полякам не удалось покорить Филарета и других русских послов. Но обстановка в России, в Москве в частности, складывалась серьезная, весьма опасная. В столице хозяйничали поляки во главе с А. Гонсевским и его подпевалы из русских — боярина М. Г. Салтыкова и «торгового мужика» Ф. Андронова.

В ночь на 3 июня 1611 года королевское войско штурмом взяло сильно ослабленный, исстрадавшийся от голода, цинги Смоленск.

В России развернулось широкое народное движение против интервентов. После неудачи Первого ополчения Второе ополчение К. Минина — Д. М. Пожарского освободило Москву (конец октября 1612 года). Все это время Филарет томился в плену. А в столице России происходили важные, в том числе и для него лично, события.

После почти полутора десятилетий внутренних раздоров и бесчинств иноземцев россияне, объединив усилия, изгнав интервентов из Москвы, ничего большего не желали, как успокоения земли. Для этого нужно было избрать царя. Пожарский и Трубецкой, вожди ополчения, разослали по всей стране грамоты-призывы; прислать в Москву представителей от властей и выборных людей от всех чинов на собор — для общего совета о судьбе государства и избрания царя.