Кроме обоняния и осязания, в поиске пищи помогают зрение и слух. Глаз крокодила устроен так же, как и у большинства рептилий. Сетчатка глаза состоит в основном из палочек, зрачок в виде вертикальной щели, способен сильно расширяться. Поля зрения двух глаз отчасти перекрываются, что создает так называемый бинокулярный эффект – возможность объемного зрения и точной оценки расстояний до различных предметов. Слух развит хорошо, и тут крокодил в чем-то выигрывает у большинства своих жертв. Диапазон слуховой чувствительности крокодилов очень велик и варьирует в пределах 100–4000 Гц. Наружное ухо небольшое, снабжено кармановидной полостью, защищенной снаружи подвижными клапанами. Такие меры предосторожности связаны в первую очередь с полуводным образом жизни и не позволяют воде проникать в ушную полость. Внутреннее ухо имеет хорошо развитую улитку.

В ротовой полости находится крупный, мускулистый язык, помогающий проталкивать пищу. Слюнных желез у крокодилов нет, да они им и не нужны, так как пищу они практически всегда поедают под водой. Желудок имеет толстые мышечные стенки, и в нем почти всегда у взрослых крокодилов находится более или менее значительное количество камней. Их функция довольно долго была не выяснена, предполагали даже, что крокодил в силу своего плохого зрения и отсутствия вкуса заглатывает булыжники вместо живой добычи. Но когда выяснилось, что и зрение, и осязание у хищников развиты достаточно хорошо, эта гипотеза отпала сама собой. Сейчас большинство ученых предполагают, что камни в желудке крокодила выполняют функцию терки и помогают измельчать пищу, поскольку крокодилы глотают куски мяса, не прожевывая. Хотя есть и другое предположение, что камни в желудке перемещают центр тяжести крокодила вперед и вниз, придавая большую устойчивость при плавании. Масса камней в желудке нильского крокодила может достигать 5 кг и составлять 1–2 % массы тела.

Легкие крокодилов имеют сложное строение и способны вместить большой запас воздуха.