Всего за жизнь, крокодил может сменить зубы 10–12 раз. Новые зубы вырастают на месте выпавших довольно быстро, так что беззубый крокодил – явление исключительно редкое. Самые крупные зубы находятся на вершинах выпуклых дуг фестончатого бокового края челюстей. Зубы верхней и нижней челюсти чередуются в правильном порядке, так что против самых крупных зубов нижней челюсти приходятся самые мелкие зубы верхней, и наоборот. Это делает хватку крокодила еще более опасной, позволяя удерживать в сомкнутых челюстях таких крупных животных, как антилопы. Благодаря наличию между зубами чувствительных к давлению рецепторных клеток крокодилы, как и млекопитающие (и в отличие от большинства рептилий), могут определять и точно контролировать силу сжатия своих челюстей.

Позвоночник крокодилов разделен на четыре отдела. В шейном отделе 9 позвонков, в туловищном 15–16, в крестцовом всего 2, зато в хвостовом – до 40 позвонков. Тела позвонков вогнуты спереди и выпуклы сзади. Грудных ребер у крокодилов 6–8 пар, они прочно сочленяются с грудиной – овальной хрящевой пластиной, слегка раздвоенной сзади. Брюхо крокодилов защищено 7–8 парами брюшных ребер, не связанных с позвоночником и расположенных между грудиной и тазом.

У крокодилов нет ключиц и плечевой пояс состоит из лопатки, коракоида и связывающей внизу левую и правую половины пояса (вместе с хрящевой грудиной) межключицы.

Головной мозг крокодилов хорошо развит, что говорит о высокой организации этих рептилий. Лучше всего развит мозжечок, отвечающий за координацию движений. Это и немудрено, поскольку им приходится не только активно перемещаться по суше, т. е. на плоскости, но и в воде, что гораздо сложнее, поскольку здесь они должны гораздо больше маневрировать. Хорошо развит и передний мозг, в котором находятся крупные обонятельные доли, а также средний, в котором расположен зрительный центр. Отсутствует эпифиз и теменной глаз.

Органы чувств крокодилов развиты довольно хорошо, что свойственно всем хищникам.