Вход в глотку при этом закрыт впереди хоан нёбной занавеской, которая плотно прижимается к заднему краю, на котором образуется специальный валик, выполняющий роль своеобразного клапана. Челюсти крокодилов удлиненные, по своему строению чем-то напоминают пинцет. Такой тип строения челюстей просто незаменим при охоте на небольшую и подвижную добычу. Наиболее длинными и узкими челюстями обладают гавиалы, узкорылые крокодилы и другие виды, кормящиеся в основном рыбой.

В костях черепа хорошо развиты многочисленные воздухоносные полости. Так, большинство задних костей черепа заключает в себе полости весьма разросшейся и сложно ветвящейся системы евстахиевых труб. Воздухоносные выросты полости среднего уха глубоко заходят в квадратную и сочленовную кости. Кости длинной морды и нёба также содержат значительные полости, в которые заходят слепые выросты носового хода. Такое своеобразное истончение костей, придающее им сходство с губкой, существенно облегчает вес черепа крокодила. Это значительно облегчает перемещение крокодилов в воде, позволяя без значительных усилий мышц удерживать голову под поверхностью воды.

У крокодилов есть еще одна очень полезная для них особенность и вместе с тем очень опасная для их жертв – они способны бесшумно и незаметно погружаться в воду (что собственно и делают перед тем, как совершить бросок к жертве). Для этого крокодилу достаточно понизить давление в грудной полости и отсосать в легкие часть воздуха из воздушных черепных ходов. Так что череп, пронизанный многочисленными воздушными ходами, позволяет крокодилу без хлопот добыть свой кусок мяса, не прилагая к этому значительных усилий.

Зубы у крокодилов простой конической формы, расположены на предчелюстной, верхнечелюстной и зубной костях черепа. Каждый зуб сидит в отдельной ячейке, что вообще-то несвойственно для рептилий, и размеры их довольно внушительны. У некоторых крокодилов клыки достигают длины 5 см. Основания зубов внутри полые, в этих полостях развиваются новые, замещающие зубы.