Много времени, сил и энергии вкладывал Магницкий в дела школы, радовался ее успехам. Работал за двоих — не за страх, а за совесть и требовал того же и от учителей-англичан, то опаздывавших на занятия, то пропускавших их вовсе.

В 1703 году Курбатов доносил хранителю Оружейной палаты боярину Ф. А. Головину, в ведении которого находилась школа, что в школе 200 человек и «англичане учат их той науке чиновно, а когда временем и загуляются или, по своему обыкновению, почасту и долго проспят» и только их помощник Леонтий Магницкий «непрестанно при школе бывает и всегда имеет тщание не токмо к единому ученикам в науке радению, но и к иным к добру поведениям, в чем те англичане, видя в школах его управление не последнее, обязали себя к нему, Леонтию, ненавидением, так что уже просил он, Леонтий, от частого их на него гневоимания от школы себе свободное. Далее Курбатов сообщает, что ему удалось урегулировать ненормальные взаимоотношения между учителями и Магницкий школу не покинет, «а дело из них, — отметил автор письма, — признал я в одном Андрее Фархварсоне, а те два, хотя и навигаторы написаны, только до Леонтия наукою не дошли». Потом Курбатов писал в том же году: «Точно доложу о сем, что учители учат нерадетельно, а ежели бы не опасались Магницкого, многое бы у них было продолжением, для того, что которые учатся остропонятно, тех бранят и велят дожидаться меньших».

В конце 1703 года школа уже работала нормально. Все классы были оборудованы инвентарем, приобретены учебные пособия и все инструменты, которые в то время имели распространение в самых передовых странах, началось печатание учебников.

Одним из первых учебников была знаменитая «Арифметика» Магницкого, которая, по словам Курбатова, вышла гораздо лучше иноземной. Этот учебник, «Арифметика, сиречь наука числительная», был написан Магницким за короткий срок и издан в 1703 году.