В Прибайкалье имеется густая разветвленная речная сеть. Большинство рек - горные. Густота речной сети - 0,3-0,4 км на кв. км. Питание главным образом - дождевое. Распределение стока по сезонам неравномерно. На период летних дождей приходится 50-80% годового стока, нередки катастрофические паводки. Самые крупные реки Прибайкалья - Селенга, Витим, Баргузин, Верхняя Ангара. Они имеют и транспортное значение. Горный рельеф обусловливает многоводность рек и высокую насыщенность их водной энергией. По предварительным данным, потенциальные запасы энергии рек превышают 15 млн квт годовой мощности. Озера немноочисленны, связанные с областями распространения последнего оледенения и днищами прогибающихся межгорных котловин. Наиболее крупные озера Байкал, Котокель, Торейские. Байкал лежит в глубоком тектоническом понижении и окружен покрытыми тайгой горными хребтами. Длина его 636 км, ширина до 80 км, а площадь составляет более 31 500 кв. км. Глубина его превышает 1000 м, а в средней части котловины, к северу от острова Ольхон, доходит до 1620 м. Это самая большая известная глубина в озерах земного шара. Количество воды в озере (23 тыс. куб. км.) в 92 раза превышает объем воды Азовского моря. Байкал поражает исключительным богатством и своеобразием флоры и фауны. Более 1800 видов различных растений и животных обитают в его водах. Причем более половины этих видов нигде, кроме Байкала, не встречаются (в их числе байкальский тюлень, омуль, голомянка и др.). Воды Байкала имеют сине-зеленый цвет и отличаются исключительной чистотой и прозрачностью. Можно отчетливо видеть лежащие на глубине 10-15 м камни и заросли зеленоватых водорослей, а опущенный в воду белый диск виден на глубине 40 метров.

Прибайкалье расположено в зоне тайги. Тайга занимает все склоны и вершины хребтов примерно до высоты 1500 м, в поясе высоких гор - нижние и средние части склонов до высоты 1100-1400 м.