Tāda pati bijusi autora attieksme pret sava evaņģēlija fabulāro materiālu. Sinoptiķi Jēzus dzīves epizodes traktējuši kā patiesībā notikušus un atzīmēšanas cienīgus vēsturiskus faktus. Turpretim Jāņa evaņģēlijā tiem pavisam atšķirīgs uzdevums un tie ir tikai iegansts kādas teoloģiskas doktrīnas vai morāles priekšraksta paušanai, tātad līdzeklis mērķa sasniegšanai, bet nevis mērķis kā tāds. Vēl vairāk — rodas iespaids, ka atsevišķas epizodes sacerējis pats autors, lai ilustrētu savas tēzes un tādā veidā spēcīgāk iespaidotu lasītāju iztēli. Uz tādu pieņēmumu mūs paskubina fakts, ka līdzīgas epizodes sinoptiķiem nav zināmas. Bet no tā izriet secinājums, ka Jāņa evaņģēlijs nav vis vēsturisks vēstījums, bet brīvi sakopotas alegoriskas līdzības, kuras beidzas ar aforis- tisku pamācību un kopumā veido teoloģisku traktātu, kas formāli sniegts kā stāsts par Jēzus Kristus dzīvi, ciešanām un nāvi.
Alegorizācijas metodi Jānis lietojis, aprakstot Jēzus sarunu ar ebrejiem pēc tam, kad viņš no tempļa bija padzinis tirgoņus. Atbildot uz jautājumu, kādas viņam bijušas tiesības to darīt, Jēzus atbild: «Noplēsiet šo templi, un es to trijās dienās atkal uzcelšu.» Ebreji, tam neticēdami, Jēzum saka: «Četrdesmit sešus gadus šis templis ir taisīts, un tu to gribi uzcelt trijās dienās?» Tad vārdu ņem pats autors un paskaidro: «Bet viņš runāja par savas miesas templi. Kad nu viņš bija uzcēlies no miroņiem, viņa mācekļi atcerējās, ka viņš to bija sacījis, un sāka ticēt rakstiem un vārdam, ko Jēzus bija runājis.» Tātad mums šeit ir tipisks piemērs, kā burtiskais pareģojums par Jeruzalemes nopostīšanu tiek pārvērsts alegorijā, attiecinot to uz Jēzus augšāmcelšanos trešajā dienā pēc nāves pie krusta.
Vēl cits piemērs ir labi pazīstamā un mākslā daudz izmantotā epizode, kurā Jēzus pie Jēkaba akas sastopas ar sievieti no Samarijas.