El tercer y último atrio, el patio de los Sacerdotes, se elevaba aproximadamente un metro sobre el patio de Israel. Aunque lindaba con éste sin muro de separación alguno, el acceso de los legos al patio de los Sacerdotes sólo era posible si traían algún sacrificio. El resto del tiempo, la entrada estaba limitada a los sacerdotes y los levitas. En la puerta de acceso al patio de los Sacerdotes había cuatro mesas esculpidas en piedra, sobre las que descansaban los cadáveres desangrados de media docena de corderos y cabritos, que habían quedado allí abandonados cuando los sacerdotes y levitas fueron conducidos fuera del Templo. El olor a sangre, a incienso y a grasa animal chamuscada seguía llenando el aire. Al norte y al sur de la puerta había ocho mesas más, que presentaban un estado parecido.

En el centro del extremo oriental del patio de los Sacerdotes, el altar del Sacrificio se levantaba seis metros del suelo a modo de pirámide escalonada, compuesta por cuatro enormes piedras sin desbastar, porque de acuerdo con uno de los mandamientos no podían haber sido tocadas jamás por herramientas de metal.

Desde las cuatro esquinas de la piedra angular del altar, apuntaban hacia el cielo cuatro protuberancias en forma de cuerno, de cincuenta centímetros de largo. Era en estos cuernos, y en el altar, donde los sacerdotes derramaban la sangre de los animales degollados como sacrificio. Alrededor de la base del altar discurría un sumidero, de cincuenta centímetros de ancho y cincuenta centímetros de profundidad, con un reborde de veintitrés centímetros y una capacidad total de más de once mil litros, que servía para recoger la enorme cantidad de sangre que se derramaba sobre el altar en los días más concurridos. Los sacerdotes y los levitas habían sido conducidos fuera del Templo poco más de una hora después de haber comenzado la jornada, de modo que el sumidero no acumulaba más que unos pocos centímetros de sangre coagulándose y atrayendo a las moscas.