Son fils Joseph, son beau-frère Fesch, une Mme Pernom et sa fille Laure l'entourent de soins.

Charles, l'esprit fort, l'ennemi des jésuites, le voltairien, réclame des prêtres, se confesse, prie. Sa voix se voile, puis par à-coups s'éclaircit, et dans les heures qui précèdent sa mort il appelle Napoléon, ce fils seul capable de le sauver, de l'arracher au dragon de la mort.

Dans des accès fébriles, il crie que l'épée de Napoléon fera trembler les rois, que son fils changera la face du monde. S'il était présent, « il me défendrait de mes ennemis », lance-t-il.

Il tente de se redresser, il répète : « Napoléon, Napoléon », puis retombe.

Il meurt ce 24 février 1785.

Les médecins, dans les heures qui suivent, procèdent à son autopsie, décrivent : « À l'orifice inférieur de l'estomac, une tumeur de la longueur et du volume d'une grosse patate ou d'une grosse poire d'hiver allongée. Les tuniques de l'estomac vers le milieu de sa grande courbure étaient très épaisses et d'une consistance très ferme approchant du cartilage... Nous avouons que nous trouvâmes le foie gorgé et la vésicule du fiel extrêmement remplie d'une bile très foncée, ayant acquis le volume d'une poire médiocre, allongée... »

On inhuma Charles Bonaparte dans un des caveaux de l'église des Cordeliers.

Bonaparte, dans les jours qui suivent l'annonce du décès, se montre encore plus acharné au travail. Il y noie sa douleur. Il impose silence à Alexandre Des Mazis, qui veut le consoler. Il dit simplement que sa réussite est plus nécessaire encore. Il doit être officier dès septembre. Élève ? Il n'est plus temps. Sous-lieutenant d'emblée, voilà l'obligation.

Il sait qu'à Ajaccio sa mère devra désormais élever ses quatre cadets avec seulement mille cinq cents livres de revenus. Les quatre aînés sont placés dans des écoles et pourront subvenir à leurs besoins. Et si lui, Napoléon, touche dès octobre 1785 une solde, s'il est officier dans un régiment, il pourra dans les faits être ce chef de famille dont il a l'âme depuis plusieurs mois déjà.