5-й Далай-лама Нгаванг Лобсанг Гьямцо (1617-1682) был найден в 1619 году, но лишь в 1622 году состоялась официальная церемония возведения его на трон в монастыре Дрепунг. По причине политической нестабильности молодого тулку хотели переправить в Монголию, но всё-таки этого не сделали. Как для Тибета, так и для Монголии того времени характерны распри между различными кланами и родами, которые часто не были уверены, к какой линии они хотят принадлежать. Гушри-хан, хошот-монгольский князь, напротив, определился в своём выборе и в 1630-х годах в ответ на призыв притесняемых гелугпинцев собрал войско, чтобы оказать им реальную помощь. Кроме того, он получил военную поддержку от других монгольских племён - в итоге части армии под его командованием в ходе последующего военного похода в Тибет иногда отделялись и мародёрствовали. Конкурирующие монгольские князья также посылали своих солдат, и, таким образом, дело дошло до настоящей гражданской войны на тибетской земле.

После того как в 1640 году Гушри-хан одержал победу в восточно-тибетской провинции Кхам, он напал на монастыри Кагью в Цанге. Далай-лама писал своему ученику, пытаясь удержать его от необдуманного шага, но тщетно: письмо было перехвачено и слишком поздно дошло до Гушри-хана. После кровавой битвы был разорён Шигадзе, и вследствие войны Кармапа Чёйинг Дордже был вынужден бежать. Лишь в 1673 году, за несколько месяцев до смерти, он смог снова вернуться в свой монастырь-резиденцию Цурпху. Несмотря на то, что спустя какое-то время права линий Кагью и Сакья были официально восстановлены, их значение в Тибете уже никогда больше не достигало прежнего уровня.

В 1642 году Гушри-хан пригласил Далай-ламу со свитой в монастырь Ташилюнпо. Успешный полководец устроил пышную церемонию приёма и нарёк Далай-ламу главой государства Тибет, а его близкое доверенное лицо, Сёнама Чёпела, назначил на должность «дези», что соответствует современному премьер-министру.