Процедура сдачи экзаменов на звание лейтенанта была в те годы весьма длительной, требовала большого напряжения и растянулась на целый год. Но и эта трудная пора становления морского офицера осталась позади. В августе 1889 г. Р. Скотт был произведен в лейтенанты и начал нелегкую жизнь младшего командира, заполненную учениями, вахтами, выходами в море, стрельбами и редкими днями отдыха. Кроме того, ему приходилось и дальше упорно учиться, чтобы приобрести военно‑морскую специализацию, в качестве которой Кон выбрал минно‑торпедное дело. Много учиться требовалось еще и потому, что на флоте происходила глубокая реорганизация, старые парусные корабли быстро сменялись новыми паровыми и броненосными.
В эти годы на семью Скоттов обрушилось несчастье. Глава семьи неудачно вложил деньги, оставшиеся от продажи пивоваренного завода, который не приносил прибыли, и в 1894 г. разорился. Для Роберта Скотта это означало, что впредь он может рассчитывать только на свое лейтенантское жалованье. Для младшего офицера это было тяжелым испытанием, но Кон твердо принял спартанский образ жизни, отказался от многих удовольствий, в то же время стараясь выглядеть респектабельным молодым джентльменом.
Сэр Клементс Маркхем, ставший в эти годы президентом Королевского географического общества, упорно продолжал убеждать правительство в необходимости снаряжения национальной Британской антарктической экспедиции. Дело упиралось, как всегда, в деньги. По самым скромным подсчетам, требовалось собрать порядка 100 тыс. фунтов стерлингов. Такая сумма и сегодня считается весьма внушительной, а в конце XIX в. она выглядела баснословной. Для сравнения заметим, что среднее годовое жалованье лейтенанта Королевского флота составляло 400 фунтов стерлингов.