В романе «Война в Фивах» речь идет не только о Древнем Египте. Когда Махфуз писал роман, Египет более шестидесяти лет находился под иностранной опекой, если не сказать прямой оккупацией. Хотя Британия в 1922 году в одностороннем порядке объявила Египет независимым государством, жесткие ограничения его суверенитета, включая оккупацию части территории (зоны Суэцкого канала), оставались в силе. С другой стороны, пан-национализм Османской империи и национализм отдельного государства в девятнадцатом веке вызвали политические дискуссии, и верхушка египетского общества, говорившая по-турецки, воспринималась многими чужеродным элементом. Видно, не удастся выяснить, к какой из этих двух групп Махфуз относил гиксосов (если он преследовал конкретную цель выделить одну из них). Однако не остается сомнений, что это глубоко политический роман, в котором яркий патриотизм и страстный призыв защищать Египет от любых чужеземцев, стремящихся поработить его, звучит и сегодня. Неудивительно, что в Египте роман «Война в Фивах» вошел в обязательную программу начального и среднего школьного образования (так осуществилась надежда Сейида Кутба, которую он выразил в своей рецензии словами: «министерство образования должно предоставить возможность всем учащимся ознакомиться с этим романом»)

Политический характер романа не ограничивается возвращением утраченной земли и изгнанием захватчика. В нем фигурируют и другие острые политические темы, хотя не все из них автор выразил столь ярко и осознанно. Упоминание расположенной на юге Нубии, где верхушка Египта нашла убежище от гиксосов, своеобразный «реверанс» современному Судану. Когда Махфуз писал этот роман, Суданом управляли Египет вместе с Британией, причем Египту отводилась унизительная роль младшего партнера.