Государь разгневался, и бывшие в Москве архиереи представили ему, что Аввакум не простой враг Никона, но расколоучитель, которого необходимо удалить из столицы. Царь Алексей Михайлович все еще любил Аввакума и ограничился новым выговором за то, что он отбивает народ от церкви. Тогда Аввакум возмечтал о своей силе и еще с большим против прежнего фанатизмом стал продолжать свою проповедь. Нередко бывал он в доме известного окольничего Ртищева и у него вступал в споры с православными учеными людьми. Тогда решено было отправить его в новую ссылку, на Мезень, куда через год по возвращении из Сибири и отправили его с семейством. Сан протопопа остался однако за ним, но служить ему было запрещено. В Мезени он продолжал устно и письменно распространять свое учение, — посылая грамотки в Москву, Боровск и другие места к своим приверженцам, и наконец начал писать окружные послания, именуя себя „рабом и посланником Иисуса Христа", „страдальцем, юзником за веру", „протосингелом россiйскiя церкви". Так прошел 1665 г. Между тем в Москве собрался собор для суда над Никоном и для устройства церковных дел. Главных расколоучителей для соборного убеждения стали свозить в Москву; привезли и Аввакума (февраль 1666 г.). Здесь стал было его увещевать Павел, митрополит крутицкий, заклятый враг Аввакума и человек крутого нрава. Увещание кончилось обоюдным ругательством и едва не дошло до драки. Аввакума увезли в Боровск и заключили в Пафнутьевском монастыре под начал. Присылали и сюда увещателей: ярославского дьякона Козьму и дьяка патриаршего приказа; но Аввакум так говорит об этом в своей автобиографии: „То же да то же говорят — долго ли тебе нас мучить? соединись с нами, а я отрицаюсь, что от бесов, а они в глаза пуще лезут, и сказку им тут написал с большою укоризною и бранью. А Козьма тот не знаю какого духа человек — въяве меня уговаривает, а втайне подкрепляет еще, говоря: протопоп, не отступай ты от старого благочестия; велик у Христа человек будешь, как дотерпишь до конца".