Через два с половиной месяца Аввакума наскоро взяли к Москве. Это было в начале мая. В патриаршую крестовую палату, где собрался собор русских архиереев, под председательством Питирима, митрополита новгородского, первого привели Александра, епископа вятского; но он раскаялся в своем заблуждении и тотчас же занял место на соборе. Затем привели Аввакума. Он, как сказано в 4 деянии собора, „стязан быша и не покорися клеветник и мятежник, паче же злобе злобу прилагая, укори в лицо весь освященный собор, вся неправославными нарицая; тем же правильно осудися иерейства лишен быти и онафеме предатися". Его расстригли и прокляли, вместе с Федором дьяконом, в Успенском соборе, за обедней 13 мая 1666 г. Когда протодьякон возгласил им анафему, Аввакум, а за ним и Федор возгласили анафему архиереям. И было смятение в церкви, и в то же время было „великое нестроение вверху", то есть во дворце: царь Алексей Михайлович поссорился с царицей Марьей, которая стояла за Аввакума, уехал в Преображенское, где и пробыл целую неделю. Многие бояре были тоже на стороне Аввакума, особенно князь Воротынский и князь Иван Андреевич Хованский, содержавший Аввакума на свой счет и известный впоследствии по стрелецкому бунту. Хованского в это время, за излишнюю приверженность к раскольникам, наказали батогами. Расстриженный Аввакум был посажен на патриарший двор, потом отвезен в Угрешский монастырь не дорогой, но, чтобы люди не видали, болотами. Здесь сидел он в тюрьме более четырех месяцев, затем опять был переведен в боровский Пафнутьев монастырь, где сидел в тюрьме без малого год и распространял раскол между монашествующими. Наконец повезли его в Москву для новых увещаний пред лицом восточных патриархов александрийского и антиохийского в Чудове монастыре. Увещания происходили через переводчика, архимандрита Дионисия, так как патриархи по-русски не разумели. Они говорили Аввакуму, что все православные на Востоке содержат те самые обряды, которые и в Москве соблюдаются, — один он стоит в своем упорстве.