Позднее, в период среднего триаса, появляются две новые группы черепах – бокошейные и скрытошейные. Названия этих черепах указывают на способы, с помощью которых они втягивают под панцирь голову. Бокошейные складывают шею горизонтально, изгибая ее буквой «S» и прижимая к основанию ноги, а скрытошейные – вертикально. По сравнению с проганочелисами эти группы черепах являлись более развитыми.
Единственный вид группы бесщитковых – кожистая морская черепаха – отличается от других своих сородичей особым строением панциря, не соединенного с ребрами и позвоночником.
Около 200 млн лет назад, в триасе, черепахи жили на Земле бок о бок с динозаврами. Обитавших в этот период черепах назвали триассочелисами. Триассочелисы были очень похожи на современных черепах, однако их главным отличием были размеры (до 90 см в высоту), а также наличие зубов.
Развитие всех перечисленных групп черепах проходило независимо друг от друга, поэтому между ними обнаруживаются существенные отличия.
Наиболее вероятным предком бесщитковых черепах был архелон – очень крупное животное весом до 2,7 т, достигавшее 4 м в длину. В настоящее время бесщитковые черепахи являются крупнейшими среди всех видов этих животных.
Бокошейные черепахи практически не изменились за миллионы лет. В настоящее время эта группа обитает только в Южном полушарии. Бокошейные черепахи встречаются в Африке, Австралии, Новой Гвинее, на Мадагаскаре и в Южной Америке.
Самая распространенная группа черепах – скрытошейные, или криптодиры. В начале своего развития эти черепахи обитали в заболоченных местах, где у них была возможность и плавать, и находиться на суше. Современные коробчатые, болотные, сухопутные и полуводные черепахи происходят от этих общих предков, живших в болотах.
Из группы скрытошейных черепах около 150–200 млн лет назад, в юрский период, выделился подотряд мягкотелых черепах.