В самом начале декабря 1906 г. Столыпин направил законопроект царю на утверждение. При подготовке проекта члены Совета министров, как вспоминал Коковцов, представляли, что Столыпин "не решился бы поднять такой щекотливый вопрос, не справившись заранее со взглядом Государя", хотя он сам об этом не говорил.
У Столыпина был убедительный аргумент - личное близкое знакомство с еврейским вопросом в западном крае, где он прожил много лет. Ссылаясь на такой аргумент, Столыпин доказывал несостоятельность многих ограничений жизненными фактами (49) .
Скорее всего, Столыпин ожидал положительного решения царя, тем более, что правительственная программа от 24 августа 1906 г. получила "высочайшее одобрение" (50) . Если обещанные программой преобразования не будут осуществлены, - было записано в проекте, - доверие общества к правительству поколеблется (51) . Однако опыт общения Столыпина с царем показывал - на него нельзя положиться. Даже если премьер убеждал в чем-то царя, в решающий момент тот мог отказаться от принятого решения. Так случилось и на этот раз. 10 декабря Николай II вернул Столыпину журнал Совета министров, где был помещен законопроект, неутвержденным, мотивируя свое решение в письме, в котором говорилось: "Несмотря на самые убедительные доводы, внутренний голос твердит, чтобы я не брал этого решения на себя. До сих пор совесть моя никогда меня не обманывала" (52) . Ганелин полагает, что резолюция царя на журнале (ее текст неизвестен) соответствовала по содержанию его письму (53) .
В тот же день Столыпин отправил Николаю II ответное письмо, где указывал: "Исходя из начал гражданского равноправия, дарованного манифестом 17 октября, евреи имеют законные основания домогаться полного равноправия"; частичная отмена ограничений дает возможность Государственной думе отложить разрешение проблемы "в полном объеме на долгий срок"; принятие законопроекта успокоит "нереволюционную часть еврейства" и избавит "законодательство от наслоений, служащих источником злоупотреблений".