Юрий Богданович Отрепьев родился в небогатой дворянской семье. Предки Отрепьевых выехали из Литвы на службу в Москву. Отец Юрия Богдан Отрепьев, достигнув совершеннолетия в пятнадцать-шестнадцать лет, получил поместье вместе со старшим братом Никитой Смирным. Произошло это в феврале 1577 года. Дворянские недоросли, начиная служить, вскоре же заводили семью. Так поступил и Богдан Отрепьев. На рубеже 70–80-х годов XVI века в его семье родился сын Юрий. Это значит, что он был примерно одного возраста с царевичем Дмитрием. Юшка достиг совершеннолетия в самые последние годы царствования Федора.

Отец Юшки Богдан служил в стрелецких войсках, но выслужил только чин стрелецкого сотника. Он рано умер. Согласно посольской справке, Богдана зарезал литвин на Москве в Немецкой слободе. Там, где иноземцы свободно торговали вином, нередко случались уличные драки. Московские летописцы помнили, что Юшка «остался после отца своего млад зело» и воспитанием его занималась мать. От нее мальчик научился читать божественное писание, «часовник и псалмы Давидовы». Как видно, возможности домашнего образования были быстро исчерпаны, и Юшку послали «к Москве на учение грамоте». Семья Отрепьевых имела прочные связи в столице. Там обретался дед Юшки, там служили его родной дядя Смирной и «свояк» семьи дьяк Семейка Ефимьев. Вероятно, кто-то из приказных и выучил Юшку писать. В приказах ценили хороший почерк, и при них существовали школы, готовившие писцов-каллиграфов. Отрепьев усвоил изящный почерк, что позволило ему позже стать переписчиком книг на патриаршем дворе.