В 1793 г. Голенищев-Кутузов назначается чрезвычайным и полномочным послом в Константинополь. Ему ставится задачей упрочить наше влияние в Турции и склонить ее к заключению союза с Россией и другими европейскими державами против революционной Франции. Голенищев-Кутузов исполняет и это поручение с большим успехом, свидетельствующим о его выдающихся дипломатических талантах. Влияние Франции было совершенно ослаблено, и французские подданные получили приказание выехать из пределов Турции; вместе с тем были устранены Голенищевым-Кутузовым и недоразумения по некоторым статьям Ясского договора. В феврале 1795 г. Голенищев-Кутузов был назначен командующим сухопутными войсками, флотом и крепостями в Финляндии, а в октябре и генеральным директором Императорского сухопутного шляхетского корпуса. На этом последнем посту Голенищев-Кутузов проявил себя отличным педагогом. Он установил в корпусе строгий порядок и дисциплину, ввел преподавание тактики и часто сам лично читал лекции как по тактике, так и по военной истории.

Воцарение императора Павла не отразилось на судьбе Голенищева-Кутузова; он сохранил свое служебное положение и даже приобрел доверие государя успешным исполнением его поручения – склонить Пруссию к союзу с Россией и Англией против Франции. В начале 1798 г. произведен в генералы от инфантерии, пожалован кавалером большого креста ордена Св. Иоанна Иерусалимского и назначен шефом Псковского пехотного полка; в 1799 г. назначен литовским генерал-губернатором, а в 1800 г. за искусное руководство маневрами награжден орденом Св. Андрея Первозванного.

По восшествии на престол императора Александра I Голенищев-Кутузов получил назначение санкт-петербургским военным губернатором, но в августе 1802 г. вызвал неудовольствие государя неудовлетворительным состоянием санкт-петербургской полиции и был уволен в свои поместья, где оставался до 1805 г., когда был поставлен во главе войск, двинутых в Баварию для совместных действий с австрийцами против Наполеона.